台湾的外交部报告5月1日指出，政府坚定主张拥有钓鱼岛列屿立场，不卑不亢全力捍卫领土完整，无论日本政府称钓鱼岛任何岛屿为“国有地”或“私有地”，无法改变“中华民国”对钓鱼岛主权。台湾的国防部则在报告中指出，政府对钓鱼岛列屿领土主权，会以“宣示主权”、“和平理性”、“维护渔民权益”及“不与大陆共同处理”为处理原则。
针对南海主权问题，外交部报告指出，政府愿秉持“主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发”基本原则，与其它国家共同开发南海资源。
台湾中央社报道，立法院外交及国防委员会2日邀外交部长杨进添、国防部长高华柱等项目报告“维护钓鱼岛及南海主权应有之作为”；外交部与国防部的报告1日送到立法院。
“不与大陆共同处理”钓鱼岛问题
外交部表示，政府坚定主张拥有钓鱼岛列屿主权立场，以不卑不亢态度全力捍卫领土完整，并利用各种场合宣示钓鱼岛列屿是“中华民国固有领土”，钓鱼岛的行政管辖属于宜兰县头城镇大溪里。
外交部说，东京都知事石原慎太郎在华府应“传统金会”邀请发表演说时提及，将以东京都预算购买钓鱼岛私有3小岛，并称“日本政府不做，就由东京都来做”，目前已电请驻日本代表处查证，并由驻日代表处向交流协会表示政府的关切。
外交部表示，日本政府正进一步了解并厘清相关事实，目前无置评，政府也概不承认日方任何不当言行；无论日本政府称钓鱼岛任何岛屿为“国有地”或“私有地”、出售与否或由何人购买，都无法改变“中华民国”对钓鱼岛列屿的主权。
外交部说，政府对石原慎太郎的发言至感遗憾，并希望日本政府审慎以对日方政治人物有损“中华民国”领土主权的言论，避免引发争端；另外，日本政府高层的相关谈话，外交部希望日方从大局着眼，以台日整体关系为重，以理性和平态度处理本案。
国防部在报告中指出，政府对钓鱼岛列屿领土主权，会以“宣示主权”、“和平理性”、“维护渔民权益”及“不与大陆共同处理”为处理原则。
愿与他国共同开发南海
据外交部报告指出，南海主权问题，政府愿秉持“主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发”基本原则，与其它国家共同开发南海资源。
外交部报告指出，无论就历史、地理及国际法而言，南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、东沙群岛及其周遭水域，都属于“中华民国”固有领土及水域，主权属于“中华民国”，不容置疑。任何国家无论以任何理由或方式主张或占据，“中华民国”政府一概不承认。
外交部呼吁相邻南海各岛礁的国家自我约制，并透过协商对话，和平解决南海争端，“中华民国”愿积极参与相关对话，解决纷争，共同促进区域和平稳定与发展。
外交部表示，对菲律宾宣称黄岩岛为菲律宾不可分割的一部分之领土，且派船舰进入海域进行执法措施，这都属于非法行为。
外交部与驻菲律宾代表处都成立因应小组，密切掌握态势发展，为因应菲律宾反华情绪，驻菲律宾代表处也与侨社保持密切联系，适切处置，避免波及“中华民国”侨民。
国防部报告指出，为提升行政院海岸巡防署在东、南沙地区守备能力，在安全会议指导下，国防部须定期督访，协助海巡署各项战备工作推展，使其达到“等同陆战队坚强战力”目标，共同确保安全。
